Mit dem Update auf Lion erfolgt auch ein php-Update auf die Version 5.3.6.  Das Upgrade benennt die Datei /etc/php.ini um in php.ini-5.2-previous und legt eine neue Datei  php.ini.default an.

Die neue Datei muss man also kopieren nach /etc/php.ini und dort ggfs. Anpassungen vornehmen. Dies wird in den meisten Fällen der Eintrag für den Pfad zum mysql Socket sein.